Não vou entrar em detalhes, segue a principal parte do código:
File file = new File("c:\temp\teste.xlsx");
InputStream inputStream = new FileInputStream(file);
Workbook wb = WorkbookFactory.create(inputStream);
//Execute modificações aqui
FileOutputStream out = new FileOutputStream(file);
wb.write(out);
out.close();
Outras palavras-chaves
Leitura e gravação planilha do Excel
Carregar e salvar planilha do Excel
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